RNA提取純化操作過程,提取的時(shí)候有什么注意事項(xiàng)呢?
RNA提取純化操作過程:
1. 加入AMPure XP 磁珠試劑
2. 磁珠與核酸結(jié)合
3. 結(jié)合有核酸的磁珠與雜質(zhì)分離
4. 乙醇洗滌
5. 加入洗脫液
6. 轉(zhuǎn)移洗脫產(chǎn)物
RNA提取注意事項(xiàng):
1.RNA在細(xì)胞內(nèi)極易降解,樣本選擇時(shí)***定要選取新鮮的樣本組織或者取樣后迅速低溫處理(液氮速凍);樣本出現(xiàn)多次反復(fù)凍融后,RNA得率會(huì)嚴(yán)重下降,也會(huì)導(dǎo)致RNA降解;RNA提取環(huán)境要保持無RNA酶污染;
2.RNA容易受到環(huán)境污染導(dǎo)致RNA嚴(yán)重降解,建議實(shí)驗(yàn)過程中注意更換實(shí)驗(yàn)手套,使用所有耗材應(yīng)該均無RNA酶的***次性耗材;
3.試劑盒中BufferEB中含有少量EDTA,可能影響下游實(shí)驗(yàn),使用時(shí)適當(dāng)稀釋,如果用其他洗脫液洗脫,要確保PH>7.5,PH過低影響洗脫效率;
4.離心柱漂洗完成后,盡可能烘干柱膜上殘留乙醇,殘留乙醇會(huì)影響洗脫效率和下游實(shí)驗(yàn)效果;柱膜也不建議過度干燥,沒有乙醇味道殘留***好,如果過度干燥可能影響RNA溶解;如果A260/230值過低,說明樣本提取過程中漂洗不徹底,有鹽離子殘留,建議增加漂洗次數(shù);
5.對(duì)于RNA提取,A260/280<1.9說明有可能存在DNA污染或者蛋白污染,如果洗脫樣本時(shí)沒有使用BufferEB,而使用ddH20(確保無RNA酶),比值或偏低,因?yàn)镻h值會(huì)影響吸光值,并不表示樣本純度低;
6.如果提取的樣本RNA發(fā)生嚴(yán)重降解,可能是由于裂解液沒能完全滅活樣本中RNA酶,建議增加裂解液使用量(具體參見說明書)或者降低樣本初始量;
7.RNA完整性可以通過超微量核酸檢測(cè)儀檢測(cè)或者瓊脂糖凝膠電泳(電泳條件:膠濃度1%;1XTAE電泳緩沖液)來判斷;***般樣本RNA電泳條帶為兩條帶,對(duì)于植物樣本,有可能存在葉綠體RNA干擾,條帶數(shù)量大于4條,并不表示RNA提取發(fā)生降解;
8.電泳環(huán)境受到RNA酶污染,也會(huì)造成RNA降解,電泳檢測(cè)不準(zhǔn)確,確保電泳過程中電泳緩沖液,上樣緩沖液無RNA酶污染;
9.RNA提取***般是傳統(tǒng)TRIzol方法和改進(jìn)的柱式方法;對(duì)于TRIzol法進(jìn)本可以提取大部分樣本RNA,但是對(duì)于多糖多酚植物樣本,建議使用者盡量選擇具有針對(duì)性的試劑盒(參見目錄),傳統(tǒng)TRIzol法無法有效去除多糖多酚這些次生代謝物;
10.對(duì)于植物樣本,樣本處理量無法統(tǒng)***確定,對(duì)于***般樣本(煙草,擬南芥等),提取量不超過100mg鮮重組織或者20mg干重組織,對(duì)于復(fù)雜樣本,建議初始樣本量不超過50mg鮮重或者10mg干重組織;如果需要較高的RNA量,可以采取多管濃縮的方法提取RNA;
11.對(duì)于植物樣本,如果離心時(shí)堵塞離心柱,建議減少初始樣本量;
12.對(duì)于血液樣本,如果樣本中含有血塊,說明樣本收集時(shí)未加入血液抗凝劑;建議重新收集樣本并加入EDTA,肝素,檸檬酸等抗凝劑;
13.RNA濃度及純度判斷:[RNA]μg/ml=A260 x稀釋倍數(shù)x40.0 (40.0:RNA的平均吸收系數(shù))